Giống Zwingli, Calvin nhấn mạnh đến quyền tể trị của Thiên Chúa – quyền tể trị của Thiên Chúa được thể hiện trong lịch sử, trong ân điển theo quyền tể trị của Ngài được trải nghiệm qua sự cứu rỗi, và quyền tể trị ấy được mặc khải trong Kinh Thánh.[64]Calvin phát triển nền thần học của ông qua luận giải Kinh Thánh, những bài giảng, và những luận văn. Song, sự trình bày súc tích nhất những luận điểm của ông được tìm thấy trong kiệt tác Nguyên lý Cơ Đốc giáo, với chủ đích sử dụng tác phẩm này như là bản khái lược quan điểm của ông về thần học Cơ Đốc, và để đọc với những quyển luận giải Kinh Thánh.[65]

Việc hiệu đính tác phẩm với các phiên bản khác nhau kéo dài hầu như suốt cuộc đời của nhà cải chính, các phiên bản ấy chứng tỏ rằng nền thần học của ông luôn nhất quán kể từ khi tác giả còn trẻ tuổi.[65] Ấn bản đầu tiên năm 1536 chỉ có sáu chương. Ấn bản thứ hai (1539), được mở rộng gấp ba lần bởi vì Calvin thêm vào những chương tập chú vào các chủ đề đã xuất hiện trong tác phẩm Loci Communes (Những luận đề thần học căn bản) của Melanchthon. Năm 1543, Calvin thêm vào một chương về bản Tín điều các Sứ đồ. Ấn bản sau cùng phát hành năm 1559. Lúc ấy, tác phẩm gồm 4 quyển, 80 chương, mỗi quyển được đặt tên theo các tuyên đề của bản tín điều: Quyển 1 về Thiên Chúa Đấng Tạo Hóa, Quyển 2 về Đấng Cứu Chuộc, Quyển 3 về việc nhận lãnh Ân điển của Chúa Cơ Đốc qua Chúa Thánh Linh, và Quyển 4 về Hội thánh.[66]

Trước tiên Nguyên lý Cơ Đốc giáo trình bày rằng sự khôn ngoan của con người gồm có hai phần: sự hiểu biết về Thiên Chúa và sự hiểu biết về con người.[67] Calvin lập luận rằng sự hiểu biết về Thiên Chúa là không di truyền trong nhân loại, cũng không đạt được qua sự quan sát thế giới. Cách duy nhất có được sự hiểu biết này là nghiên cứu Kinh Thánh. Ông viết, "Bất cứ ai muốn tiếp cận Thiên Chúa Đấng Tạo Hóa người ấy cần có Kinh Thánh là người dẫn đường và là người thầy dạy dỗ".[68] Ông không cố chứng minh thẩm quyền của Kinh Thánh mà chỉ miêu tả Kinh Thánh là chân thật và chính xác. Calvin bảo vệ giáo lý Ba Ngôi, và trong một bài luận chiến chống lại Giáo hội Công giáo, ông lập luận rằng ảnh tượng tôn giáo về Thiên Chúa chỉ dẫn đến tội thờ lạy hình tượng.[69] Cuối quyển 1, khi bàn về ơn thần hựu, Calvin viết, "Bởi Quyền năng Ngài, Thiên Chúa chăm sóc và bảo vệ Thế giới Ngài đã tạo nên, và bởi ơn Thần hựu Ngài cai trị thế giới trong từng lĩnh vực".[70] Con người không thể hiểu biết đầy đủ mục đích của Thiên Chúa qua các hành động riêng lẻ của Ngài, nhưng khi con người làm điều thiện hay ác, họ đang thực thi ý chỉ và sự đoán xét của Ngài.[71]

Quyển thứ nhì gồm có vài tiểu luận về nguyên tội, và sự sa ngã của loài người, trực tiếp nhắc đến Agustine, người đã phát triển những giáo lý này. Calvin cũng thường trích dẫn các Giáo phụ nhằm bảo vệ chính nghĩa của cuộc cải cách chống lại những cáo buộc cho rằng những nhà cải cách đã tạo ra nền thần học mới.[72] Theo Calvin, tội lỗi bắt đầu từ sự sa ngã của Adam rồi truyền cho toàn thể nhân loại. Sự thống trị của tội lỗi là triệt để đến mức con người bị trói buộc bởi điều ác.[73] Như vậy, nhân loại sa ngã cần sự cứu rỗi chỉ có thể tìm thấy nơi Chúa Cơ Đốc. Trước khi trình bày giáo lý này, Calvin miêu tả tình trạng đặc thù của người Do Thái trong thời Cựu Ước.

Thiên Chúa lập giao ước với Abraham, thực chất của giao ước là việc Chúa Giê-xu đến thế gian. Như thế, giao ước cũ không hề mâu thuẫn với Chúa Cơ Đốc nhưng đúng hơn là sự tiếp nối của lời hứa của Thiên Chúa. Calvin đã sử dụng những đoạn văn trong bản Tín điều các Sứ đồ thuật lại sự khổ nạn Chúa Giê-xu trải qua dưới tay Pontius Pilate, và sự trở lại của Ngài để đoán xét người sống và kẻ chết để miêu tả giao ước mới. Theo Calvin, toàn bộ diễn biến thể hiện sự vâng phục tuyệt đối của Chúa Giê-xu đối với Chúa Cha đã dời bỏ mối bất hòa giữa con người và Thiên Chúa.[74]

Trong quyển thứ ba, Calvin miêu tả sự hiệp nhất về tâm linh giữa Chúa Cơ Đốc và nhân loại. Trước tiên, Calvin định nghĩa đức tin là sự hiểu biết vững vàng và chắc chắn về Thiên Chúa trong Chúa Cơ Đốc. Hiệu quả tức thời của đức tin là lòng ăn năn và sự tha thứ tội lỗi. Tiếp đó là trải nghiệm tái sinh phục hồi cho người có đức tin tình trạng thánh khiết trước khi A-đam phạm tội. Tuy nhiên, sự toàn hảo tuyệt đối là không thể đạt đến trong đời này, và người tín hữu nên biết rằng cần tiếp tục tranh đấu chống tội lỗi.[75] Một vài chương được sử dụng để bàn về giáo lý xưng công chính chỉ bởi đức tin. Calvin định nghĩa sự xưng công chính là "Thiên Chúa chấp nhận chúng ta và kể chúng ta là công chính".[76] Do đó, hiển nhiên Thiên Chúa là đấng khởi sự và tiến hành việc xưng công chính, con người không làm gì được; Thiên Chúa hành xử quyền tể trị tuyệt đối trong sự cứu rỗi.[77] Gần cuối quyển, Calvin trình bày và bảo vệ giáo lý tiền định được phát triển từ giáo huấn của Augustine khi ông chống lại giáo thuyết của Pelagius. Thomas Aquinas và Martin Luther ở trong số những nhà thần học có quan điểm theo truyền thống Augustine. Theo cách diễn đạt của Calvin, đó là "Thiên Chúa chấp nhận một số người để có hi vọng cho sự sống và đoán phạt những người khác bị sự chết đời đời."[78]

Quyển cuối miêu tả, theo quan điểm của Calvin, hội thánh thật cùng sứ mạng, thẩm quyền và thánh lễ của hội thánh. Ông bác bỏ thẩm quyền của Giáo hoàng, và phản bác luận cứ cho rằng các nhà cải chính là ly giáo. Đối với Calvin, hội thánh là thân thể bao gồm các tín hữu mà Chúa Cơ Đốc là đầu của hội thánh. Theo định nghĩa này, chỉ có một Hội thánh chung duy nhất. Vì vậy, ông lập luận rằng những nhà cải cách "phải rời bỏ họ để có thể đến với Chúa Cơ Đốc".[80] Các chức trách trong Hội thánh đã được liệt kê trong sách Ê-phê-sô, gồm có: sứ đồ, tiên tri, nhà truyền bá phúc âm, quản nhiệm, và học giả. Calvin xem ba chức trách đầu là chỉ hiện hữu trong thời Tân Ước. Hai chức trách sau được thiết lập trong hội thánh ở Geneva. Calvin tin rằng cần có sự phân lập giữa thẩm quyền hội thánh với thẩm quyền dân sự, hai bên không nên can thiệp vào công việc của nhau.[81]

Calvin định nghĩa bí tích là dấu hiệu trên đất nối kết với lời hứa của Thiên Chúa. Ông chỉ chấp nhận hai bí tích: Báp têm và Tiệc Thánh (khác với quan điểm Công giáo với Bảy phép Bí tích). Ông bác bỏ hoàn toàn giáo lý Thánh thể của Công giáo (theo đó trong bí tích Thánh thể, qua việc truyền phép mà chất thể bánh rượu biến thành Mình máu Thánh Chúa). Calvin cũng không chấp nhận giáo lý Lutheran về thuyết hiệp nhất trong thánh lễ cho rằng Chúa Christ hiện diện "trong, với, và dưới" các nguyên tố. Quan điểm của Calvin gần gũi, tuy không hoàn toàn đồng nhất, với quan điểm biểu tượng của Zwingli. Thay vì chấp nhận quan điểm cho rằng bánh và nước hoàn toàn chỉ là biểu tượng, Calvin tin rằng với sự dự phần của Chúa Thánh Linh, đức tin của tín hữu sẽ được củng cố và được làm cho tươi mới qua thánh lễ. Theo Calvin, thánh lễ Tiệc Thánh là "quá huyền nhiệm để tôi có thể hiểu hay bày tỏ bằng lời nói. Đối với tôi, đó là sự trải nghiệm hơn là sự hiểu biết."[82]